Inició su carrera desde muy joven en el ciclismo de montaña, compitiendo en categorías inferiores, donde logró sendas medallas de plata y bronce en los mundiales de 2014 y 2015 en categoría júnior.
Para 2016 hizo la transición al ciclismo de ruta al ser contratado por el equipo italiano Androni Giocattoli-Sidermec de categoría profesional continental. Durante las temporadas 2016 y 2017 cumplió con actuaciones destacadas, ganando la camiseta del mejor joven en varias competencias, y algunos triunfos en la general de carreras continentales, además del Tour del Porvenir 2017 lo que le valió para ser contratado por el equipo Sky, de categoría UCI WorldTeam, a partir de la temporada 2018.
Su debut en la categoría WorldTour fue impresionante para sus 21 años, con actuaciones destacadas en el Tour Down Under, la Volta a Cataluña, su primer triunfo de etapa y podio en el Tour de Romandía, y la clasificación general más dos etapas en el Tour de California; además obtuvo el Campeonato de Colombia de Ciclismo Contrarreloj y la Colombia Oro y Paz, ante los mejores ciclistas de su país.
Estas actuaciones motivaron que su equipo lo llevara a debutar en una carrera de tres semanas al Tour de Francia donde se destacó como gregario confirmando sus condiciones de corredor de grandes vueltas.
Bernal nació en Bogotá en el seno de una familia residente en el municipio cercano de Zipaquirá, departamento de Cundinamarca, constituida por su padre Germán, quien fue ciclista de ruta en su juventud, su madre Flor Marina y dos hermanos, el mayor de ellos Egan.
Así recibieron en Francia a la familia de Egan.
Fue precisamente su padre quien lo inicio desde los cinco años en el camino de la bicicleta; a los ocho años participó en su primera carrera, la ganó y el premio consistía en una beca de formación en una escuela de ciclismo donde permaneció por más de un año.
Posteriormente se centró en el ciclomontañismo bajo la dirección del exciclista de ruta Fabio Rodríguez iniciando su trayectoria en categorías inferiores bajo la tutela de Rodríguez y la Fundación Mezuena.
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