La portavoz de la Casa Blanca, Karine Jean-Pierre, dijo en Twitter que por el momento no había "señales de que se trate de un ciberataque".
Sin embargo, el presidente de Estados Unidos Joe Biden "pidió al Departamento de Transporte que realice una investigación completa sobre las causas" del incidente, dijo.
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"La FAA continúa trabajando para restaurar completamente el sistema de información (aéreo...) luego de la interrupción", dijo la agencia en un comunicado, y agregó: "Si bien algunas funciones comienzan a estar nuevamente en línea, las operaciones del sistema aéreo nacional siguen siendo limitadas".
Varios aeropuertos de América del Norte, entre ellos los de Ottawa, Baltimore y Austin, advirtieron de los retrasos y pidieron a los usuarios que comprueben el estado de su vuelo antes de acudir al aeropuerto.
La compañía United Airlines, por su parte, confirmó en un comunicado que había "retrasado temporalmente todos los vuelos domésticos" debido a la avería.
"Estamos monitoreando la situación de cerca y trabajando con la FAA para minimizar las interrupciones a los clientes", dijo por su parte American Airlines también en un comunicado.
El sistema afectado por la interrupción, llamado Notice To Air Missions (Aviso a las Misiones Aéreas, NOTAM), se utiliza para transmitir información a las tripulaciones sobre riesgos, desarrollos en los aeropuertos y otros datos relevantes.
La FAA dijo que la operación del sistema estaba "deteriorada". Había al menos 3.578 vuelos retrasados a las 08H00, hora de la costa este (13H00 GMT), según el sitio web de seguimiento de vuelos Flight Aware. No estaba claro el número de retrasos relacionados con la interrupción.
El secretario de Transporte, Pete Buttigieg, dijo en Twitter que estaba "en contacto con la FAA" sobre "esta interrupción que afecta un sistema clave para proporcionar información de seguridad a los pilotos".
"La FAA está trabajando para resolver este problema de manera rápida y segura para que el tráfico aéreo pueda reanudar las operaciones normales y continuará brindando actualizaciones", agregó el ministro.
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